ويوجد في المصفاة خمسة وحدات هدرجة مهمتها تحسين خصائص المشتقات النفطية الخفيفة والمتوسطة وتخفيض محتواها من المركبات الكبريتية والآزوتية والأوكسيجينية والشـوائب الأخرى و ذلك بعملية الهدرجة الوسائطية وتتضمن الوحدات التالية:
وحدة هدرجة الكيروسين /13/ وحمولتها 280 ألف طن / السنة.
وحدة هدرجة مازوت التفحيم الخفيف /14/ وحمولتها 750 ألف طن / السنة.
وحدة هدرجة مازوت التفحيم الثقيل /15/ وحمولتها150 ألف طن / السنة.
وحدة هدرجة النفتا /400/وحمولتها 480 ألف طن/السنة.
وحدة هدرجة الكيروسين والمازوت /600/وحمولتها 370 ألف طن / السنة.